Γεννήθηκε στις 1 Οκτωβρίου του 1846 μ.Χ. στη Σηλυβρία της Θράκης από τον Δήμο και τη Βασιλική Κεφάλα και ήταν το πέμπτο από τα έξι παιδιά τους. Το κοσμικό του όνομα ήταν Αναστάσιος.
Μικρός, 14 ετών, πήγε στην Κωνσταντινούπολη, όπου εργάστηκε ως υπάλληλος και κατόπιν ως παιδονόμος στο σχολείο του Μετοχίου του Παναγίου Τάφου. Κατόπιν πήγε στη Χίο, όπου, από το 1866 μ.Χ. μέχρι το 1876 μ.Χ. χρημάτισε δημοδιδάσκαλος στο χωριό Λίθειο.
Το 1876 μ.Χ. εκάρη μοναχός στη Νέα Μονή Χίου με το όνομα Λάζαρος και στις 15 Ιανουαρίου 1877 μ.Χ. χειροτονήθηκε διάκονος, ονομασθείς Νεκτάριος, από τον Μητροπολίτη Χίου Γρηγόριο (1860 – 1877 μ.Χ.), και ανέλαβε τη Γραμματεία της Μητροπόλεως.
Το 1881 μ.Χ. ήλθε στην Αθήνα, όπου με έξοδα του Πατριάρχη Αλεξανδρείας Σωφρονίου Δ’ (1870 – 1899 μ.Χ.), σπούδασε Θεολογία και πήρε το πτυχίο του το 1885 μ.Χ.
Έπειτα, ο ίδιος προαναφερόμενος Πατριάρχης, τον χειροτόνησε το 1886 μ.Χ. πρεσβύτερο και του έδωσε τα καθήκοντα του γραμματέα και Ιεροκήρυκα του Πατριαρχείου Αλεξανδρείας. Διετέλεσε επίσης πατριαρχικός επίτροπος στο Κάιρο.
Στις 15 Ιανουαρίου 1889 μ.Χ., χειροτονήθηκε Μητροπολίτης Πενταπόλεως.
Η δράση του ως Μητροπολίτου ήταν καταπληκτική και ένεκα αυτού ήταν βασικός υποψήφιος του πατριαρχικού θρόνου Αλεξανδρείας. Λόγω όμως φθονερών εισηγήσεων (αισχρών συκοφαντιών), προς τον Πατριάρχη Σωφρόνιο, ο ταπεινόφρων Νεκτάριος, για να μη λυπήσει τον γέροντα Πατριάρχη, επέστρεψε στην Ελλάδα (1889 μ.Χ.).
Διετέλεσε Ιεροκήρυκας (Ευβοίας) (1891 – 1893 μ.Χ.), Φθιώτιδος και Φωκίδας (1893 – 1894 μ.Χ.) και διευθυντής της Ριζαρείου Εκκλησιαστικής Σχολής στην Αθήνα (1894 – 1904 μ.Χ.).
Μετά τον θάνατο του Πατριάρχη Αλεξανδρείας Σωφρονίου (1899 μ.Χ.), ο Νεκτάριος εκλήθη να τον διαδεχθεί, αλλά ο Άγιος αρνήθηκε.
Στα κηρύγματα του, πλήθος λαού μαζευόταν, για να «ρουφήξει» το νέκταρ των Ιερών λόγων του.
Το 1904 μ.Χ. ίδρυσε γυναικεία Μονή στην Αίγινα, της οποίας ανέλαβε προσωπικά τη διοίκηση, αφού εγκαταβίωσε εκεί το 1908 μ.Χ., μετά την παραίτηση του από τη Ριζάρειο Σχολή.
Έγραψε αρκετά συγγράμματα, κυρίως βοηθητικά του θείου κηρύγματος. Η ταπεινοφροσύνη του και η φιλανθρωπία του υπήρξαν παροιμιώδεις.
Πέθανε το απόγευμα της 8ης Νοεμβρίου 1920 μ.Χ. Τόση δε ήταν η αγιότητά του, ώστε επετέλεσε πολλά θαύματα, πριν αλλά και μετά τον θάνατο του. Ενταφιάστηκε στην Ιερά Μονή Αγίας Τριάδος στην Αίγινα.
Η ανακομιδή των Ιερών λειψάνων του έγινε στις 3 Σεπτεμβρίου του 1953 μ.Χ. και στις 20 Απριλίου του 1961 μ.Χ. με Πράξη του Οικουμενικού Πατριαρχείου, διακηρύχτηκε Άγιος της Ορθόδοξης Εκκλησίας.
Ἀπολυτίκιον
Ἦχος α’. Τῆς ἐρήμου πολίτης.
Σηλυβρίας τὸν γόνον καὶ Αἰγίνης τὸν ἔφορον, τὸν ἐσχάτοις χρόνοις φανέντα ἀρετῆς φίλον γνήσιον, Νεκτάριον τιμήσωμεν πιστοί, ὡς ἔνθεον θεράποντα Χριστοῦ, ἀναβλύζει γὰρ ἰάσεις παντοδαπὰς τοῖς εὐλαβῶς κραυγάζουσι. Δόξα τῷ σὲ δοξάσαντι Χριστῷ, δόξα τῷ σὲ θαυματώσαντι, δόξα τῷ ἐνεργοῦντι διὰ σοῦ πᾶσιν ἰάματα.
Ἕτερον Ἀπολυτίκιον
Ἦχος δ’. Ταχὺ προκατάλαβε.
Ὁσίως ἐβίωσας, ὡς Ἱεράρχης σοφός, δοξάσας τὸν Κύριον, δι’ ἐναρέτου ζωῆς, Νεκτάριε Ὅσιε. Ὅθεν του Παρακλήτου, δοξασθεὶς τῇ δυνάμει, δαίμονας ἀπελαύνεις, καὶ νοσοῦντας ἰᾶσαι, τους πιστῶς προσιόντας, τοῖς θείοις λειψάνοις σου.
Κοντάκιον
Ἦχος πλ. δ’. Τῇ Ὑπερμάχῳ.
Ὀρθοδοξίας τὸν ἀστέρα τὸν νεόφωτον, καὶ Ἐκκλησίας τὸ νεόδμητον προτείχισμα Ἀνυμνήσωμεν καρδίας ἐν εὐφροσύνῃ. Δοξασθεὶς γὰρ ἐνεργείᾳ τῇ τοῦ Πνεύματος. Ἰαμάτων ἀναβλύζει χάριν ἄφθονον τοῖς κραυγάζουσι· χαίροις Πάτερ Νεκτάριε.
Κάθισμα
Ἦχος α’. Τὸν ταφον σου Σωτὴρ.
Ὡς ἥλιος λαμπρός, ἐν ἐσχάτοις τοῖς χρόνοις, ἀνέτειλας ἡμῖν, τῇ ὁσίᾳ ζωῇ σου, Νεκτάριε Ὅσιε, καὶ πρὸς δόξαν καὶ αἴνεσιν, πάντας ἤγειρας, Χριστοῦ τοῦ πάντων Δεσπότου, τοῦ σὲ δείξαντος, δεδοξασμένον σε Πάτερ, θαυμάτων δυνάμεσι.
Ἕτερον Κάθισμα
Ἦχος γ’. Τὴν ὡραιότητα.
Τὴν καθαρότητα, τῆς πολιτείας σου, καὶ τὴν εὐθύτητα, Πάτερ τῶν τρόπων σου, ὡς προσφορὰν πνευματικήν, δεξάμενος ὁ Δεσπότης, ἰαμάτων κρήνην σε, ἐν Αἰγίνῃ ἀνέδειξε, τοῖς πιστῶς προστρέχουσι, τοῖς ἁγίοις λειψάνοις σου, τοῖς νέμουσιν ὀσμὴν οὐρανίαν, πᾶσι καὶ θείαν εὐωδίαν.
Ἕτερον Κάθισμα
Ἦχος πλ. δ’. Τὴν Σοφίαν καὶ Λόγον.
Ὀρθοδόξων δογμάτων ἑρμηνευτής, διδαχῶν θεοφθόγγων ὑφηγητής, δεικνύμενος Ὅσιε, Ἱεράρχης ὡς ἔνθεος, τῶν εὐσεβῶν ῥυθμίζεις, ἐνθέως τὸ φρόνημα, πρὸς θεϊκὴν ἀγάπην, καὶ τρίβον σωτήριον. Ὅθεν ἐν Αἰγίνῃ, θεοφρόνως ἐγείρεις, Μονὴν σεπτὴν Ὅσιε, εἰς ψυχῶν περιποίησιν, Θεοφόρε Νεκτάριε· ἐν ᾗ Μοναζουσῶν ἡ πληθύς, τὰ σεπτά σου προσκυνοῦσα λείψανα, εὐλαβῶς ἑορτάζει, τὴν ἁγίαν μνήμην σου.
Ἕτερον Κάθισμα
Ἦχος πλ. α’. Τὸν συνάναρχον Λόγον.
Ἀρετῆς διανύσας τὸν δρόμον Ὅσιε, θεοπρεπῶς μετετέθης πρὸς τὴν ἀγήρω ζωήν, καὶ ἁγίων κοινωνὸς ὤφθης Νεκτάριε, μεθ’ ὧν πρέσβευε ἀεί, τῷ Παντάνακτι Χριστῷ, δοθῆναι πταισμάτων λύσιν, καὶ ψυχικὴν σωτηρίαν, τοῖς ἑορτάζουσι τὴν μνήμην σου.
Ὁ Οἶκος
Ἄνθρωπος οὐρανόφρων, ἀνεδείχθης ἐν κόσμῳ, Νεκτάριε Χριστοῦ Ἱεράρχα· ζωὴν γὰρ ὁσίαν διελθών, ἀκέραιος ὅσιος καὶ θεόληπτος, ἐν πᾶσιν ἐχρημάτισας· ἐντεῦθεν παρ’ ἡμῶν ἀκούεις.
Χαῖρε δι’ οὗ οἱ πιστοὶ ὑψοῦνται,
χαῖρε δι’ οὗ ἐχθροὶ θαμβοῦνται.
Χαῖρε τῶν Ὁσίων Πατέρων ἐφάμιλλος,
χαῖρε Ὀρθοδόξων ὁ θεῖος διδάσκαλος.
Χαῖρε οἶκος ἁγιώτατος ἐνεργείας θεϊκῆς,
χαῖρε βίβλος θεοτύπωτος πολιτείας τῆς καινῆς.
Χαῖρε ὅτι ἀρτίως ἡμιλλήθης Ἁγίοις,
χαῖρε ὅτι ἐμφρόνως ἐχωρίσθης τῆς ὕλης.
Χαῖρε λαμπρὸν τῆς Πίστεως τρόπαιον,
χαῖρε σεπτὸν τῆς χάριτος ὄργανον.
Χαῖρε δι’ οὗ Ἐκκλησία χορεύει,
χαῖρε δι’ οὗ νῆσος Αἴγινα χαίρει.
Χαίροις Πάτερ Νεκτάριε.