Ο Όσιος Μακάριος, κατά κόσμο Χριστόφορος, γεννήθηκε στην Κωνσταντινούπολη στα τέλη του 8ου μ.Χ. αιώνα (πιθανότατα το 785 μ.Χ.). Σε νεαρή ηλικία έμεινε ορφανός και από τους δύο γονείς του και την ανατροφή του ανέλαβε ένας ευλαβής θείος του, ο οποίος φρόντισε για την κατά Θεόν ανατροφή και εκπαίδευσή του. Επειδή είχε κλίση προς την μοναχική πολιτεία, εγκατέλειψε τον κόσμο και κατέφυγε στη μονή του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου, την επιλεγόμενη Πελεκητή, στα Τρίγλεια της Προύσσας. Εκεί εκάρη μοναχός και μετονομάσθηκε σε Μακάριο.
Ο νέος μοναχός άρχισε να επιδίδεται στην άσκηση και την προσευχή. Η κατά Θεόν προκοπή του τον ανέδειξε σε ηγούμενο της μονής. Ο Όσιος Μακάριος έγινε πνευματικός πατέρας για όλους, όχι μόνο για τους μοναχούς αλλά και για τους πιστούς που κατέφευγαν προς αυτόν για να τον συμβουλευθούν, να λάβουν την ευχή του και να θεραπευθούν στην ψυχή και το σώμα, αφού ο Άγιος Θεός τον άμειψε με το χάρισμα της θαυματουργίας.
Η φήμη του Οσίου έφθασε μέχρι τον Πατριάρχη Ταράσιο, ο οποίος έστειλε προς αυτόν τον πατρίκιο Παύλο, που είχε θεραπευθεί παλαιότερα από τον Όσιο, για να κάνει καλά και την γυναίκα του πατρικίου όπως και τον ίδιο. Μετά από αυτό ο Πατριάρχης Ταράσιος μετεκάλεσε τον Όσιο στην Κωνσταντινούπολη και τον χειροτόνησε πρεσβύτερο.
Όταν ξέσπασε η αίρεση των εικονομάχων στην Εκκλησία επί αυτοκράτορα Λέοντος Ε’ του Αρμενίου (813 – 820 μ.Χ.), ο Όσιος, επειδή ήταν υπερασπιστής της πατρώας ευσέβειας, κλείσθηκε στην φυλακή στην οποία παρέμεινε μέχρι τον θάνατο του αυτοκράτορα. Τον ελευθέρωσε ο αυτοκράτορας Μιχαήλ ο Τραυλός (820 – 829 μ.Χ.), διάδοχος του Λέοντος, ο οποίος όμως καθώς δεν κατάφερε να μεταβάλει το ευσεβές φρόνημα του Οσίου υπέρ των αγίων εικόνων, τον εξόρισε στη νήσο Αφουσία, στην θάλασσα του Μαρμαρά. Εκεί ο Όσιος Μακάριος, μέσα σε κακουχίες και στερήσεις, κοιμήθηκε με ειρήνη (περί το 820 μ.Χ.).
Μετά την κοίμηση του Οσίου οι μοναχοί της μονής Πελεκητής ανέδειξαν ηγούμενο τον μοναχό Σέργιο τον Έγκλειστο.