Η ιστορία της εικόνας της Παναγίας της Νέας Μονής ανάγεται στον 11ο αι, κατά τη βασιλεία του Μιχαήλ Δ’. Τρεις μοναχοί, ο Νικήτας, ο Ιωάννης και ο Ιωσήφ, ασκήτευαν σε μια σπηλιά στο Προβάτειο Όρος.
Όταν έπεφτε η νύχτα, έβλεπαν στην πλαγιά του βουνού απέναντί τους, ένα παράξενο φως. Μην μπορώντας να το βρουν και να το φθάσουν, αποφάσισαν να βάλουν φωτιά στην πυκνή βλάστηση της περιοχής.
Πίστεψαν ότι αν το φως ήταν σταλμένο από το Θεό, ο τόπος αυτός θα έμενε ανέπαφος. Πράγματι τα πάντα κάηκαν. Εκτός από μία μυρσίνη.
Οι τρεις μοναχοί αντίκρισαν με δέος μια εικόνα. Η Παναγία δεόμενη, κρεμόταν από το κλαδί μιας μυρσίνης. Αμέσως, τη μετέφεραν στη σπηλιά τους, ψέλνοντας ευλαβικά στο δρόμο της επιστροφής.
Η εικόνα όμως, επέστρεφε κάθε βράδυ στη μυρσίνη. Τα σημάδια ήταν αρκετά για να καταλάβουν οι ασκητές τι ζητούσε η Παναγία. Οι τρεις τους έχτισαν με τα χέρια τους ένα μικρό εκκλησάκι στο σημείο αυτό και το αφιέρωσαν στη Θεοτόκο.
Το ίδιο θαυματουργικά, σε προφητικό όραμα, οι μοναχοί είδαν ποιος θα ήταν αυτός που θα έχτισε μοναστήρι στην Παναγία. Επρόκειτο για τον Κωνσταντίνο το Μονομάχο, που τότε ήταν εξόριστος στο νησί της Λέσβου.
Ο Νικήτας και ο Ιωσήφ τον επισκέφτηκαν, και του ανήγγειλαν ότι θα γίνει αυτοκράτορας της Βασιλεύουσας. Του ζήτησαν μάλιστα, αν η προφητεία τους επαληθευόταν, να γίνει ο μέγας χορηγός για να χτιστεί στο Προβάτειο όρος ένα μοναστήρι αφιερωμένο στην Παναγία.
Πράγματι, το 1042, ο Μονομάχος ανέβηκε στο θρόνο, οι μοναχοί του θύμισαν την υπόσχεσή του, και εκείνος έχτισε ένα λαμπρό μοναστήρι, στη θέση που τότε είχε βρεθεί η θαυματουργή εικόνα.